Отделни структури подпомагат Съвета по въпросите на сигурността и отбраната:
- Комитетът по политика и сигурност (КПС), чиито функции в това сътрудничество са идентични с функциите на Корепер за други типове решения;
- Военният комитет на Европейския съюз (ВКЕС), съставен от началниците на генералните щабове на държавите-членки;
- Военният секретариат на Европейския съюз (ВСЕС), който е част от Генералния секретариат на Съвета, състоящ се от военни и цивилни експерти, командировани от държавите-членки;
- Комитетът за гражданските аспекти на управлението на кризи.