Страната е разположена в западната част на Тихия океан . Заема 3922 острова , от които четири големи – Хокайдо / 78,5хил.кв.км /, Хонсю / 230,4хил.кв.км /, Сикоку / 17,8хил.кв.км / и Кюсю / 42хил.кв.км / от Японските острови и архипелага Рюкю . Общата им площ е 377,8хил.кв.км . Дължината на бреговата линия – 33287км . Край бреговете на Рюкю има коралови рифове . Релефът е предимно планински с основни хребети – Хидака и Тоати / на остров Хокайдо /, Оу , Китаками , Етиго и Хида / на остров Хонсю /. Планините са от вулкански произход с много действащи и угаснали вулкани . Най-висока точка е вулканът Фудзияма / Фуджи / на остров Хонсю – 3776м . Чести са земетресенията . Равнините са почти изцяло усвоени , като по-големи са Канто / Токийска / / на остров Хонсю /, Исикари / на остров Хокайдо /. Климат – мусонен , субтропичен , в северните части – умерен . Средните януарски температури са от -5°С на остров Хокайдо до 6°С в южните острови и до 16°С на архипелага Рюкю , средните юлски температури са съответно 22 , 27 и 28°С. Валежи – 1000-3000мм , на юг – до 3500мм . Реките са къси и пълноводни – Синано , Тоне , Китаками , Исикари . Растителност – 68% от площта са покрити с гори .