Комисията е „пазителката на договорите“. Това означава, че тя е отговорна, заедно със Съда на европейските общности, за правилното прилагане на законодателството на ЕС във всички държави-членки.
Ако установи, че държава от ЕС не прилага европейското законодателство, тя започва процес, наречен „процедура за нарушение“. Първата стъпка се състои в изпращане на официално писмо до правителството, в което Комисията обяснява защо счита, че страната нарушава законодателството на ЕС и определя краен срок за получаване на подробно обяснение.
Ако държавата-членка не даде задоволително обяснение или не уреди проблема, Комисията изпраща друго писмо, с което потвърждава нарушаването на европейското законодателство и определя краен срок за отстраняване на нарушението. Ако държавата-членка не изпълни изискването, Комисията отнася въпроса пред Съда на Европейските общности, който се произнася. Решенията на Съда са задължителни за държавите-членки и институциите на ЕС. Ако държава-членка не изпълнява съдебно решение, Съдът може да наложи финансови санкции.