1. Различия в облагаемата основа – с ДДС облага т. нар. Добавена стойност, която включва работната заплата и печалбата. С данък върху оборота се облагат оборотите от продажбата на стоки и услуги.
2. Различия в данъчните размери – при ДДС данъчния размер е единен – 20%. При данък върху оборота има четири размера – 2%, 10%, 22% и нулев размер.
3. Различия в облагаемите обороти и сделки – с ДДС се облагат всички сделки с изключение на освободените и тези за износ. С данък върху оборота не се облагат стоките и услугите с производствено предназначение, тези за износ и за допълване на държавния бюджет.
4. Различия при включване на данък върху оборота и ДДС в продажните цени.
5. Различие при връзката с акцизите
6. Различия при регистрирането – за целите на облагането с данък върху оборота не е необходимо регистриране. Данък върху оборота начисляват и плащат всички физически и юридически лица, които осъществяват крайна реализация. За регистрация по ДДС съществуват определени условия.
7. Различия при определяне величината на данъка, която подлежи на внасяне в бюджета.