Председателят на Комисията решава кой комисар за коя обща политика ще отговаря и, ако се налага, може да направи преразпределение на задълженията по време на мандата на Комисията.
Комисията заседава веднъж седмично, обикновено в сряда и най-често в Брюксел. Всяка точка от дневния ред се представя от комисаря, който отговаря за съответната обща политика, след което решението се взима колективно от целия екип.
Персоналът на Комисията е разпределен в отдели — „генерални дирекции“ (ГД) и „служби“ (напр. юридическа служба). Всяка ГД отговаря за конкретна област на политиката и се оглавява от генерален директор, който носи отговорност пред някой от комисарите. Общата координация се осигурява от Генералния секретариат, който организира още и ежеседмичните заседания на Комисията. Той се оглавява от генерален секретар, който е пряко подчинен на председателя на Комисията.
Всъщност генералните дирекции планират и изготвят законодателните предложения, но тези предложения стават официални само след като Комисията ги „приеме“ на седмичното си заседание. Процедурата е най-общо следната:
Да предположим например, че Комисията вижда необходимост от европейски законодателен акт за предотвратяване замърсяването на европейските реки. Генерална дирекция „Околна среда“ изготвя предложение въз основа на широко допитване до европейските предприятия, земеделците и организациите за защита на околната среда, както и с екологичните министерства в държавите от ЕС. Проектът се обсъжда и с други отдели на Комисията, заинтересовани от темата и се съгласува с юридическата служба и генералния секретариат.
След като предложението е напълно готово, то се включва в дневния ред на заседание на Комисията. Ако поне 14 от 27-те комисари одобрят предложението, Комисията го приема и то се ползва с безусловната подкрепа на целия екип. Тогава документът се изпраща на Съвета и на Европейския парламент, които вземат решение по него. След това Комисията може да внесе изменения, отразяващи препоръките на двете институции, след което им връща предложението за окончателно одобрение.