ЕИБ е автономна институция. Тя взема решенията си за получаване и отпускане на заеми въз основа на достойнствата на всеки проект и възможностите, предлагани от финансовите пазари. Всяка година тя представя отчет за всичките си дейности.
Банката си сътрудничи с институциите на ЕС. Например нейни представители участват в работата на някои комисии на Европейския парламент, а Президентът на ЕИБ присъства на заседанията на Съвета, когато той се събира във формат икономически и финансови министри от страните от ЕС.
Решенията на Банката се вземат от следните органи:
- Управителен съвет, който се състои от министри (обикновено финансовите министри) от всички държави-членки. Той определя общата политика на банката по отпускане на заеми, одобрява счетоводния баланс и годишния отчет, разрешава на банката да финансира проекти извън ЕС и решава как да увеличи капитала.
- Борд на директорите, който одобрява операциите по отпускане и получаване на заеми и осигурява правилното управление на ЕИБ. Състои се от 28 директори — по един номиниран от всяка държава-членка на ЕС и един от Европейската комисия.
- Управителният комитет е постоянният изпълнителен орган на Банката. Той ръководи ежедневната работа на банката. Състои се от девет члена.