Като изпълнителен орган на Европейския съюз, Комисията отговаря за управлението и изпълнението на бюджета на ЕС. По-голямата част от разходите се правят от националните и местните власти, но Комисията отговаря за контрола на тези разходи – под зоркото око на Сметната палата. Целта на двете институции е осигуряване на добро финансово управление. Само ако е удовлетворен от годишния отчет на Сметната палата, Европейският парламент освобождава Комисията от отговорност за изпълнението на бюджета.
Освен това Комисията изпълнява решенията, взети от Парламента и Съвета, например свързаните с общата селскостопанска политика, рибарството, енергетиката, регионалното развитие, околната среда или младежките и образователни програми за обучение и обмен като програмата „Еразъм“. Тя играе също така основна роля в политиката в областта на конкуренцията, като гарантира равни условия за развитие на предприятията. Комисията може да забранява сливания на компании, ако прецени, че това ще доведе до нелоялна конкуренция. Комисията трябва да гарантира също така, че държавите от ЕС не нарушават правилата за конкуренция чрез прекомерно субсидиране на своите промишлени отрасли.