Парламентът упражнява демократичен надзор върху останалите институции в ЕС по няколко начина.
Когато се сформира нов състав на Комисията, членовете ? биват номинирани от правителствата на държавите-членки, но не могат да бъдат назначени без одобрението на Парламента. Парламентът изслушва всеки един от тях, в това число и бъдещия председател на Комисията, и едва след това гласува дали да одобри Комисията като цяло.
През целия си мандат Комисията е политически отговорна пред Парламента — ЕП може да гласува „вот на недоверие“на Комисията и така да предизвика колективната ? оставка.
В по-общ план Парламентът упражнява контрол чрез редовен преглед на докладите, изпратени му от Комисията (общия годишен отчет, отчетите за изпълнение на бюджета и др.) Освен това депутатите от ЕП редовно задават въпроси на Комисията, на които комисарите са законово задължени да отговарят.
Парламентът следи още и работата на Съвета: депутатите от ЕП редовно задават въпроси на Съвета, а председателят на Съвета присъства на пленарните заседания на ЕП и участва в по-важните дебати.
Парламентът може да упражнява допълнителен демократичен контрол, като разглежда петициите на гражданите и назначава анкетни комисии.
Освен това, Парламентът има своя принос за всяка среща на върха на ЕС (заседанията на Европейския съвет). При откриването на всяка среща на върха, председателят на Парламента е поканен да изрази становището на Парламента по актуални въпроси и точки от дневния ред на Европейския съвет.