Председателството се подпомага от генералния секретариат, който подготвя и осигурява гладкото протичане на работата на Съвета на всички нива.
През 2004 г. Хавиер Солана беше преназначен като генерален секретар на Съвета. Той е още върховен представител на ЕС за Общата външна политика и политиката на сигурност (ОВППС) и като такъв спомага за координирането на действията на ЕС на световната сцена.
Генералният секретар се подпомага от заместник-генерален секретар, който отговаря за управлението на генералния секретариат.